二00六年八月，一民进党“立委”告发马英九在台北市市长任内“违规”使用“特别费”；台湾检方展开调查，并于二00七年二月侦结。台北检方依“利用职务机会诈取财物罪”将马英九起诉，市府秘书余文被依“贪污及伪造文书罪”起诉。此外，廖鲤、李克齐、孙振妮、方惠中、张钧纶等当时的市府员工，则获缓起诉处分。