经调查研究，孙宅巍等发现，来自日军第13师团第65联队官兵中的大批资料，包括他们的日记、书信和回忆等，均记录了该联队在幕府山下将万余尸体抛入江中，予以“清理”的实况。其中，远腾高明记录：“（1937年）12月18日，从14：00到19：30，为了清理一万多具尸体，小队出动了25名士兵。”高桥光夫记录：“（1937年）12月18日下午，清理联队所枪杀的近25000名俘虏的尸体。12月19日上午，第一小队的第2分队来到昨天的地方，继续清理尸体。”此外，来自日军第16师团官兵的一组资料，揭示了日军在太平门曾利用现成的壕沟将大量尸体就地掩埋。比如，第16联队辎重兵山

川裕美描述了自己所看到的情景：“南京太平门的入口处也全是尸体，我们把尸体从太平门的地方拖到壕沟里，统统扔进去。浅的壕沟也有两三米深，壕沟里尸体满得与外面的道路一样高或者比道路更高。”

　　与此同时，来自日军不同部队官兵的资料，证实毁尸灭迹的行为大量存在。如，第16师团第20联队士兵牧原信夫说：“（1937年）12月27日，出汉中门时，看见五六百具被烧焦了的尸体挨得紧紧地倒在那里。”第16师团第33联队士兵上西义雄则表示，烧尸体的事他们干了很多回，数都数不清了。来自日军第16师团第33联队官兵的一组口述实录，则见证了该联队将大量尸体直接抛入长江的行径。如，吉井光之助亲口承认：“重机枪一分钟能发射450发子弹，当时杀掉的人的总数无法计算，海军士兵直接把尸体往下游扔。”金谷正敏则说：“我印象最深的是叫我们收拾尸体抛下扬子江去。杀的尽是普通老百姓，总之，男人全杀了，这些尸体我们每天从早到晚大概花了一星期才收拾完。”