根据安排，参加此次两岸清明包机的航空公司包括大陆方面的国际航空、东方航空、上海航空、南方航空和厦门航空，以及台湾的“中华航空”、华信航空、长荣航空、立荣航空、复兴航空和远东航空。航点包括北京、上海、广州、厦门和台北、高雄６座城市。

　　从２日至８日，将共有２１个包机航班往返两岸。其中，２日共有４个往返航班，分别是东方航空的ＭＵ５００５／６航班（上海－台北－上海）、“中华航空”的ＣＩ７９５７／７９７２航班（台北－上海－高雄）、华信航空的ＡＥ７２１１／７２０２航班（高雄－上海－台北）、复兴航空的ＧＥ３０５／６航班（台北－厦门－台北）。

　　据东方航空公司介绍，东航２日的ＭＵ５００５航班上座率超过９０％，１

４６位乘客中大部分为回岛内祭扫的台胞。２日１０时５２分飞抵上海浦东机场的华航ＣＩ７９５７航班，上座率则为１００％。不少台胞表示，两岸包机为台胞回台祭祖提供了莫大方便，希望两岸包机能尽快实现常态化。

　　２００８年两岸清明包机是继２００７年之后两岸第二次实施清明包机。据统计，２００７年两岸清明包机共载客近７０００人次。