长江水利委员会三峡工程代表局高级工程师谢修发称，三峡工程在建设过程中及运行后，对流域水质、泥沙、地质灾害等采取了一系列监控措施，加上国家近年在库区大力推行退耕还林、水土保持、岸坡绿化带工程及危岩与滑坡灾害的预防与治理等，三峡坝区和三峡库区的生态与环境总体良好。

　　从流域水质看，目前三峡水库水质总体良好，仍以三类水质为主，与蓄水前水平相当。为了保证未来的三峡库区是一库清水，多项三峡水环境保护项目正在推进当中。按照统一规划，2001年到2010年政府将投入近400亿元巨资治理三峡库区及其上游水污染。届时，分阶段建设成的150多座污水处理厂、170多座城市垃圾处理厂，将使三峡库区的污水及垃圾 处理率达到85%以上。

　　从气候变化上看，蓄水使三峡库区对周边气候有一定的调节作用，但影响范围不大，仅在一定程度上改变库区范围内的天气气候特征。监测显示蓄水后库区周边平均气温增加了0.2度，其中冬季气温平均增加0.3度到1度，夏天气温平均下降0.9到1.2度。在地质环境上，三峡工程不会引发大的地震灾害。谢修发分析，三峡坝区属于地壳相对稳定的地区，远离地震活跃的板块边缘。目前库区大于2级的地震极少，测到的最大地震规模为2.5级，对三峡枢纽及库区人们生活无危害性影响。

　　此外，对受到三峡工程影响的水生生物、陆生植物物种，相关部门和科研单位也采取了妥善的保护措施。经过中科院武汉植物研究所等单位的研究，疏花水柏枝和荷叶铁线蕨的人工繁殖栽培和植物园内迁地保育均已获得成功。