审计中发现的主要问题是，中央政府投资管理中，未下达投资计划结转下年国债投资；有的补助地方投资项目还存在计划安排过细，不利于更好地发挥中央政府投资效益的问题；有的部分专项投资存在内容交叉，资金多头审批安排的现象。

　　个别项目预算执行和部分专项经费管理不够规范 ；预算未细化到具体单位和项目；预算项目执行不及时；有些项目未按进度申报预算，财政资金闲置；未将国有资产收益纳入预算管理。 相关新闻：42个部门2005年度预算执行审计结果

　　另外，一些单位存在历年结余资金未及时安排使用，虚列外事经费，自行处置资产，形成账外资金，挤占、挪用、截留财政专项资金，挪用科研专用基金，转移财政项目资金，未按规定权限批复基建项目等问题。