据了解，七月三日“总统府”举行军事会谈，陈水扁在会中向“国防部长”李杰等表示不悦，此事遂急转直下，七月四日“军法”单位即将屈肇康羁押，罪名是“陆海空军刑法第十六条”“煽惑军人暴动罪”，可处七年以上有期徒刑。

　　屈被收押后，屈母除向媒体与民意代表请求援助，许多人也投书媒体声援屈肇康，认为军方完全不顾人权和法律条文，即予收押。不过当时“国防部”官员并不愿证实屈肇康遭到羁押的转折，是否与陈水扁的态度有关。

　　“国防部”军事发言人吴季方表示，屈肇康案已于八月八日由北部地方军事法 院“检察署”作成处分，屈因违反“效忠国家”职责嫌疑案件，经侦查终结，核予不起诉。当天，屈肇康即获释放。不过陆军有关官员说，由于屈的案子在移送军法侦办之前，曾经先移送桃园“地检署”，据知桃园地检署已经分案侦办，所以“军法”部分已了，但“司法”部分还未完结。

　　官员说，屈肇康获释回家后，几乎足不出户，对门口一举一动也相当敏感。部分原因，系军方告知，在桃园“地检署”还有案子未了，必须低调，否则事态闹大，会有绿营势力到处施压，对案情反而不利。