今年8月，民进党就开始对马英九使用“市长特支费”进行恶意攻击。8月15日，民进党“立委”谢欣霓、黄伟哲质疑马英九将不用单据的“特支费”直接汇入私人账户当作生活费。9月2日，民进党“立委”谢欣霓等人又前往台湾“高检署查黑中心”告发马英九。11月12日，有民进党“立委”强调，检察官应以侦查“国务机要费案”的标准起诉马英九。

　　目前，“高检署查黑中心”已就马英九“市长特支费”一案展开调查，据悉向台北市审计处调阅了马英九的“特支费”及资助流浪狗“马小九”等账目，并陆续约谈多名承办人员，但检方一直拒绝透露案件进度。检调人士表示，为方便查案对照， 检方不排除一并了解其他县市及“中央机关首长”的“特支费”使用情况。11月14日，“查黑中心“将以关系人身份第一次约谈马英九。

　　根据台行政部门有关规定，各机关“首长”上至各“部会”首长下至县乡长均有一定的“特支费”，而实际上“特支费”中的一半不需发票单据就可以核销。台北市长马英九每个月的“特支费”为34万元新台币，使用情况与现任“行政院长”苏贞昌任台北县长时完全相同。马英九多次表示，“特支费”的用途限于公务招待、馈赠、犒赏或与公务有关的公益慈善捐助，完全按规定支用。

　　11月12日，马英九对“高检署”约谈一事表示，将以平常心前往说明并充分配合调查，希望司法还给他一个公道。但国民党方面担心会有其他政治力量介入，刻意将马英九污名化，强调司法应保持中立，不要转移焦点。对于民进党的恶意抹黑，国民党不少“立委”都表示愤慨。“立委”洪秀柱直言，若马英九被起诉，表示检察系统已成为陈水扁的工具，国民党“立委”将要求检方调查民进党籍“部会首长”及县市长。“立委”吴育升则担心，民进党有可能拖到明年再起诉马英九，若不能及时在一审判决还马英九清白，依照党内“排黑条款”，马英九将被停权，届时将无法代表国民党角逐2008年“总统”大选。