根据俄罗斯法律，他的尸体将被秘密埋葬，将禁止他的家人为他举行葬礼，这样作的部分是原因是避免使墓地成为恐怖分子朝拜的圣地。

　　车臣叛军网站Kavkaz Center11日称，巴萨耶夫死于一起意外爆炸事件。《生意人报》报道称，在装运炸药的卡车发生爆炸后，当地的联邦安全局官员很快辨认出了两名武装分子库什托夫和加尼扎夫的尸体，第三名武装分子塔兹耶夫的尸体也很快被辩认出来，他曾是印古什的一名警察，后来成为伊斯兰极端分子。第四具尸体被炸成了碎片，安全局官员找到第四具尸体的部分头颅才辨认出这具尸体是巴萨耶夫的。《共青团真理报》称，巴萨耶夫的头颅被装在一个塑料袋里，用一辆装甲运兵车运往纳兹兰。

　　认识巴萨耶夫的安全专家苏里科夫称，安全局官员告诉他，巴萨耶夫之死不是一起事故，他是被核心圈内的一名人士所出卖的。他说：“巴萨耶夫的一名同伙在卡车上安装了地雷，但出现适当的时机时，他用遥控电子装置引爆了卡车上的炸药。没有人会知道是谁出卖了巴萨耶夫。”