淮河发源于河南桐柏山区，流域涉及河南、安徽、江苏、山东四省，流域面积２６．９万平方公里，流域内人口达１．５亿。

２０世纪８０年代以来，随着工农业生产的发展和城市化进程的加快，淮河各主要支流受到日益严重的污染，水质急剧恶化。９０年代初，淮河的１６条主要支流，有一半以上河段的水质超过国家５类地表水的标准，丧失了任何利用价值，水污染事故时有发生。一些水利设施因水质污染而报废，部分地区农作物减产或绝收，给部分城乡人民生产生活和身体健康造成严重危害。

１９９４年原国务院环委会召开淮河流域环保执法检查现场会，提出要让淮河水２０世纪内变清的目标。

１９９４年，淮河发生特大污染事故。当时淮河持续干旱，主要闸坝全部关闭，７月中下旬出现大暴雨，降雨集中，主要闸坝先后开闸集中排水，入淮水质以污水团形式向下推移，淮河干流形成污染带７０公里，使一些地区的群众饮水发生困难，直接危及了下游人民的生活和生产，损失惨重。

１９９５年８月，原国务院颁布了我国第一部流域性法规——淮河流域水污染防治暂行条例，规定自１９９８年１月１日起，禁止一切工业企业向淮河流域水体超标排放水污染物。

１９９５年，国务院环委会审议《淮河流域水污染防治计划》，提出到１９９７年底，使向淮河排放的污染物总量削减百分之四十，水质有较大改善，到本世纪末实现淮河干流水质基本变清。９月，国务院要求１９９６年６月３０日之前，关停淮河流域所有５０００吨以下的小造纸企业。

１９９６年，淮河流域３５８０多家污染严重的小制革、小化工等“１５小”企业被关停。

１９９８年１月１日，国家有关部门实施“零点行动”，对限期没有完成治理的污染企业进行统一关停。河南、安徽、江苏和山东四省日排废水１００吨以上的１５６２家重点企业中，完成治理工程的１２４０家，停产治理企业１１４家，关停并转企业２０８家，全部实现达标排放。

２００１年１月，国家环保总局会同国务院各部门通过对淮河现场检查后，宣布淮河基本实现国务院提出的２０００年达标目标，干流ＣＯＤ（化学需氧量）浓度基本符合３类水质要求，主要支流ＣＯＤ浓度符合４类水质要求。